Em sistemas unix e unix-like, você espalha os arquivos pelo sistema com base no tipo de arquivo que é. Os executáveis vão em /usr/bin ou /usr/sbin , as bibliotecas entram em /usr/lib etc.
Seu projeto parece mais com o modo "Windows"; colocando todos os arquivos em um diretório. O FHS prefere /opt para tais esquemas.
Por exemplo /opt/yourproject_prod/ , /opt/yourproject_test/