Possível causa
A causa mais provável é correr chmod -R , o que é quase sempre uma má ideia.
Com reinstalação
O que quer que tenha causado o problema pode ter feito quem sabe o que, então pode ser melhor tentar reinstalar. Verifique logo depois que as permissões estão definidas corretamente. Se não estiverem, talvez a mídia de instalação esteja com problemas (verifique a soma de verificação no arquivo ISO) ou o disco rígido esteja com defeito (faça um teste SMART no menu de hamburguer do aplicativo Disks).
Sem reinstalar
Você pode tornar todas as pastas acessíveis para você definindo-as como executáveis para você, que é o que permite que você use cd nelas. Em um terminal, use find para localizar todos os diretórios em seu diretório inicial ( ~ ) e, em seguida, use chmod u+x em cada diretório:
find ~ -type d -exec chmod u+x {} \;
Note que o que causou o problema inicialmente pode também tornar executáveis (não diretórios, mas programas) dentro de seu diretório inicial não executáveis. Infelizmente, não há uma solução fácil para isso (além da reinstalação), já que você não pode simplesmente definir todos os arquivos normais como executáveis.
Você terá que configurá-los como executáveis ao acessá-los executando:
chmod +x path/to/program