Simplesmente:
Não, a menos que você altere o alinhamento de suas telas (Configurações do sistema > "telas", arraste a tela esquerda para cima), mas você terá o mesmo problema na parte inferior.
No Unity (/ Compiz), as duas telas juntas são vistas como uma grande área de trabalho / viewport. Deste ponto de vista, seria um comportamento indesejável também; o mouse faria um estranho pulo, ou desapareceria para lugar nenhum, e ficaria invisível a menos que você o abaixasse.
A primeira opção seria um comportamento inconsistente em combinação com possíveis janelas, espalhadas por duas telas, a desvantagem da segunda opção não precisa de maiores explicações, eu acho.
No entanto
Como tudo na vida do computador, ele pode ser roteirizado, mas, novamente, eu não gostaria disso, pelas razões acima.
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De seus comentários, eu entendo que você sente que o mouse deve (em transição) se mover para uma posição vertical, relativamente igual à posição na tela de onde veio. Esse é exatamente o mal-entendido, já que o windows (e qualquer outra coisa na área de trabalho) tem um tamanho e posição absoluto (em px). O Windows pode até ser distribuído em duas telas. Você não pode combinar os dois e ter uma área de trabalho consistente.