Magia!
Mais seriamente, algumas coisas - primeiro, que o sistema de arquivos no disco é compactado com squashfs , quaisquer alterações são temporariamente armazenado em um ramdisk e perdido quando você reinicia. Tudo isso é abstraído em um único sistema de arquivos por meio de unionfs
O filessytem de 3,1gb que você vê é o sistema de arquivos unionfs, e o squashfs torna possível encaixar tudo isso no viveisk.
Como eu disse, é mágica;)