Depois de ler algumas postagens na lista de discussão , acho que o diálogo Preferred Applications foi provavelmente implementado para controlar quais aplicativos serão lançados para as teclas de mídia em seu teclado (tecla da web, tecla de e-mail, teclas de reprodução / pausa). As outras duas configurações (terminal e acessibilidade) também são usadas por teclas de atalho.
É claro que nenhuma dessas opções é exclusivamente para hotkeys, mas eu acho que é de onde vem o uso deles.