Você pode usar o 'dpkg' para descobrir qual pacote está fornecendo um arquivo. No seu caso, você poderia ter usado:
sudo dpkg -S /etc/init.d/rc.local
Isso lhe diria que o arquivo é fornecido pelo pacote 'initscripts':
$ sudo dpkg -S /etc/init.d/rc.local
initscripts: /etc/init.d/rc.local
Em seguida, basta reinstalar esse pacote:
sudo apt-get install --reinstall initscripts
Referências:
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