O Windows Based Scripting Host (WSH) é uma API para executar linguagens de scripts ativos como JScript ou VBScript.
Se o arquivo .js que você está tentando abrir é originalmente de um sistema Windows, ele pode ser um arquivo JScript (o dialeto de JavaScript do MS ou, se for novo o suficiente, um arquivo "JScript .NET") em vez de um arquivo arquivo JavaScript regular e ter chamadas para o ActiveX, etc.
Você pode querer dar uma olhada / editá-lo no Terminal (com o nano, por exemplo) primeiro, em vez de tentar abri-lo com o gedit - apenas para ver o que ele realmente contém.
Sem saber mais sobre seu sistema, é difícil dizer qual processo é aberto quando você clica duas vezes no arquivo - há várias possibilidades que podem ser usadas para manipular arquivos .js, como NodeJS ou Rhino, etc. Nenhum desses está instalado por padrão no Ubuntu, no entanto.