Parece que o problema ao qual você se refere é um bug no Chromium . Até que seja corrigido, você pode usar o Google Chrome, que não tem esse bug.
Atualizar : agora, o bug foi corrigido para mim com a versão mais recente do Chromium.
Existem alguns aplicativos que não estão disponíveis para o Linux, por exemplo Trello ou calendário do nascer do sol. Desde que haja um aplicativo do Google Chrome disponível como alternativa, não importa muito.
No entanto, desde que fiz o upgrade para 16.04, os aplicativos do Chrome se comportam de maneira diferente de 14.04, 14.10, 15.04, 15.10. Eles não têm mais nenhum ícone de aplicativo exclusivo, mas mostram o ícone padrão do Chromium. E eles não estão mais disponíveis na pesquisa do Dash, que costumavam estar nos lançamentos mencionados anteriormente.
Como fazer com que os aplicativos do Chrome se comportem como aplicativos nativos no Ubuntu 16.04 novamente?
Parece que o problema ao qual você se refere é um bug no Chromium . Até que seja corrigido, você pode usar o Google Chrome, que não tem esse bug.
Atualizar : agora, o bug foi corrigido para mim com a versão mais recente do Chromium.
Se você atualizou a partir da versão anterior (parece que você fez), você pode tentar limpar seus arquivos de configuração com
mv ~/.config/google-chrome ~/.config/google-chrome-backup
e talvez também limpe os atalhos de aplicativos com
mkdir ~/.local/share/applications-backup && mv ~/.local/share/applications/chrome* ~/.local/share/applications-backup
(os dois comandos devem criar um backup desses arquivos de configuração).
Como o recurso em questão funcionou para mim após a nova instalação do 16.04, suspeito que alguns fragmentos de suas instalações anteriores possam causar o seu problema.