Não, os pacotes instalados manualmente não podem ser atualizados automaticamente.
No entanto, sempre que um pacote que tenhamos instalado manualmente ficar disponível através de nossas fontes de software, obteremos uma atualização se a versão nos repositórios for maior.
Para obter atualizações semelhantes e confortáveis para qualquer aplicativo que não chegou aos repositórios, podemos ficar atentos a um que pode fornecer versões atualizadas de um aplicativo que precisamos.
Para o ubuntu-tweak, o repositório PPA "offcial" com build para o Ubuntu < = 14.04 pode ser adicionado por:
sudo add-apt-repository ppa:tualatrix/ppa
ou através do Software Center Arquivo > Editar > Fontes de software ... .
Nós também temos que atualizar nosso cache apt e instalar o aplicativo com:
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntu-tweak