Eu não entendo completamente sua pergunta, então me perdoe se eu não responder corretamente.
O Matlab suporta apenas dispositivos habilitados para NVidia CUDA para computação acelerada por GPU. CUDA é um conjunto de ferramentas / linguagem NVidia que requer uma placa gráfica NVidia. A menos que a Mathworks (a empresa proprietária do Matlab) decida apoiar o processador AMD, você está sem sorte. O link que você dá para a ferramenta AMD que suporta cuda está incorreto - ele converte código cuda em um formato que é executado na GPU AMD - esta não é uma implementação de CUDA e NÃO funcionará com o Matlab.
Se você quiser usar uma GPU AMD, terá que fazer muito mais trabalho para executá-la com o matlab. Você precisará escrever um arquivo MEX que faça interface com as bibliotecas AMD FFT (consulte:
Boa sorte!