Pessoalmente, eu sempre corro meld do terminal, então eu dou os dois nomes de arquivos lá:
meld fileA fileB
Usando a GUI, tudo o que você precisa fazer é selecionar dois arquivos. Não vejo por que você precisa "compará-lo a nada". Você apenas seleciona o primeiro arquivo e depois o segundo:
), então escolha um arquivo, compare isso com nada, então escolha o segundo arquivo. Isso parece uma rotunda. Eu quero comparar dois arquivos, de preferência em uma GUI multi-seleção de filepicker.