Considere que a partição da qual você deseja instalar o Ubuntu (por exemplo, o pendrive) pode não ser NTFS .
Para ativar a inicialização via USB, verifique o BIOS quanto à prioridade de inicialização do HDD . Em alguns hardwares para inicializar a partir de um stick USB, você deve escolher HDD em prioridades de inicialização e USB stick nas prioridades do HDD (é claro que você deve inserir o pendrive antes de entrar no BIOS).