Eu estou usando 12.10 com zangão e funciona bem. Eu reinstalei meu sistema em vez de atualizar. Eu acho que você instalou o bumblebee usando o ppa. O ppa será desativado durante o processo de atualização. Dê uma olhada em esta pergunta para ver como reativá-los. Depois de ter feito isso, execute:
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
Isso deve atualizar o bumblebee para a última versão disponível para o 12.10.