O plugin LaTeX cria um arquivo oculto .NAME.properties.xml
(onde NAME é substituído pelo nome do seu arquivo .tex) na mesma pasta que seu arquivo .tex. Este arquivo contém as configurações para o documento mestre e, se for encontrado, o plug-in não solicitará um documento mestre.
Um arquivo de amostra é assim:
<?xml version="1.0" ?><properties><property key="MasterFilename" value="my_master_document.tex"/></properties>
Não parece haver uma maneira de mudar esse comportamento.