Na verdade, o FTP tem uma taxa de transferência de dados bastante eficiente, uma vez iniciada. A sobrecarga que retarda as coisas é com o download de um arquivo em primeiro lugar. Isso não quer dizer que não haja problema com o Samba aqui. Deve ser quase idêntico.
Para ser honesto, eu não tenho muita ideia de como você deve começar a tentar consertar isso.
Idealmente, você seria capaz de soltar outro computador lá com uma instalação de referência do Samba (por exemplo, Windows) e testá-lo como um cliente e servidor contra as máquinas Ubuntu. Então você saberia qual máquina era o problema, se era apenas uma direção que era o problema e, em seguida, você seria capaz de relatar erros com base nisso e / ou encontrar uma solução alternativa para o período intermediário.
Há um tempo vi algo sobre certas falhas de hardware de rede no Samba. Foi tanto switches e adaptadores de rede, mas eu não posso para a vida de mim encontrar nada sobre isso. Provavelmente foi um caso tão complicado que não vale a pena considerar.
Que tal evitar o samba? O FTP pode não funcionar, mas e o NFS ? Ele provavelmente tem as maiores velocidades de transferência do lote (na minha experiência) e deve lidar com o rsync.
Você também pode olhar para a montagem do servidor FTP pelo FUSE, para que o rsync possa intimidá-lo.