Eu acabei de instalar o ubuntu 12.04 e notei o mesmo comportamento estranho: o Thunderbird não aparece em [Alt + Tab] e nem no launcher. Eu recebo o Thunderbird de volta clicando em "envelope notifications thingy" e depois em "Mail" - e o Thunderbird está de volta na tela (eu não uso o Compiz). O Thunderbird é definido como o cliente de email padrão. Por outro lado, não há nenhum problema no meu outro laptop com um novo Ubuntu 12.04. Eu não tenho ideia de por que ele deve funcionar em um laptop, mas não no outro.