Para que a ferramenta perf funcione, você deve ter ativado o contador de desempenho na sua compilação de kernel, recompilar o kernel e colocar a nova imagem no local apropriado (depende de como você inicializa o sistema)
Estou executando-o na minha placa Tegra2 Harmony sem nenhum problema depois de ativar os contadores de desempenho no kernel.