A notificação é parte do gnome-settings-daemon, você pode mudar seu comportamento no gconf-editor. Para fazer isso:
- Pressione Alt + F2 e digite
gconf-editor
- Ir para apps > gnome_settings_daemon > plugins > arrumação
- Altere
free_size_gb_no_notify
para0.05
(para ~ 50MB) ou o que você preferir.
Há também várias outras configurações que podem ser úteis para você.