Você pode fazer isso com a transição composta em kdenlive
sudo apt-get install kdenlive
Assista
Clique com o botão direito do mouse em > propriedades > layout
Defina a altura e a largura como 50% defina x e y como 0% ou 50%, dependendo da localização do clipe.
Aqui está um tutorial usando o Cinelerra.
Infelizmente, parece que você tem que compilá-lo manualmente, se você estiver usando o último Ubuntu 10.10 "Maverick Meerkat": link
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