Seus repositórios parecem estar bastante confusos. Não é de admirar que o APT não esteja funcionando. Não tenho certeza de como você acompanhou todos os repositórios e PPAs que não são padrão, mas está faltando a maioria dos certificados, portanto o sistema não funciona.
Eu acho que você está ciente de que o comando apt update está colocando a base para que apt upgrade e apt install funcionem. apt update está comparando o estado do sistema com o dos repositórios e atualiza as informações do repositório local antes de fazer download de qualquer arquivo de instalação.
Isso funciona com os arquivos de configuração em
etc/apt/...
com o arquivo principal sendo
etc/apt/sources.list
Você tem um diretório opcional
etc/apt/sources.list.d/..
parece ser bastante confuso.
Minha recomendação seria fazer um backup desse diretório, excluir o conteúdo da sua pasta /etc/apt/sources.list.d e substituir o original sources.list (você certamente fez um backup? Se não ver Como restaurar os repositórios padrão? ou obter o /etc/apt/sources.list de um disco de instalação do Ubuntu e copiá-lo no seu sistema instalado). Então tente novamente.
Após corrigir seus repositórios, o processo
sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt install <whatever you want>
deve funcionar novamente.
Se assim for, eu recomendaria incluir seus repositórios alternativos no arquivo sources.list e passo a passo e verificar com o apt upgrade se algo está faltando. As chaves que você ainda pode ter para o seu PPA podem ser copiadas para o diretório /etc/apt/trusted.gpg.d .