Isso dependerá muito do suporte ao driver no Wine, mas minha experiência tem sido que o Wine é um pouco mais lento, mesmo com drivers atualizados e o mesmo hardware. Minha presunção é que isso ocorre porque o Wine é menos eficiente em atender as chamadas da API do Windows do que o Windows, geralmente traduzindo essas chamadas para as chamadas da API do Linux e passando-as (o que inerentemente leva pouco tempo).
É muito possível que isso dependa da versão, dos dois lados e da versão Wine, por isso não posso chamar minha experiência de forma definitiva.