Este é apenas um palpite, mas minha suspeita é que você está tendo problemas com a unidade USB não sendo detectada pelo firmware a tempo de ser usada como um dispositivo de inicialização quando você faz uma inicialização a quente. Você pode conseguir solucionar esse problema instalando um gerenciador de inicialização (o GRUB 2 do Ubuntu, meu rEFInd, ou qualquer outra coisa) < em> para o disco interno. Com alguma sorte, o lançamento do gerenciador de inicialização dará tempo suficiente para a unidade USB aparecer e funcionará corretamente depois disso. No caso de rEFInd, se o Ubuntu não aparecer, você pode apertar a tecla Esc e deve aparecer.