Você pode tentar inicializar com um sistema live usb ou CD live system para verificar o estado do sistema. Depende de como o sistema está instalado (dispositivos nativos ou volumes LVM? Dispositivos criptografados?). Se você puder lidar com as diferentes opções, você pode tentar montar o sistema dentro da sessão ao vivo e verificar se o seu usuário ainda existe. você pode alterar a senha da raiz e do usuário com:
chroot /mount-point-of-you-system passwd root... passwd user....
Após a reinicialização, seu login deve funcionar. Mas pode haver mais que esta sugestão por si só não está funcionando ...