Certifique-se de que a unidade à qual esse link pertence (que não seja a partição linux) esteja montada quando você reiniciar o PC ou quando tentar usar esse link. Isso acontece principalmente com partições de janela, você não pode acessar arquivos dessas partições após a reinicialização do sistema. Você precisa primeiro montá-los manualmente.
Instale a Ferramenta de Configuração NTFS e configure as unidades que você deseja montar na reinicialização do sistema e você não terá que enfrentar os problemas de links quebrados novamente.