Você pode ter vários backups quando usar a opção rsync --link-dest
.
O rsync criará outro diretório com sua árvore de backup, vinculará os arquivos que não foram alterados e copiará apenas os arquivos alterados. Dessa forma você não usa o dobro do espaço. Por exemplo:
rsync -a --delete --link-dest=../previous_backup source_directory/ backup
Você tem que usar um sistema de arquivos que suporta hard links para que isso funcione, o ext4 funciona bem.
Eu usei um disco removível NTFS no passado, mas o sistema de arquivos teve um grande impacto no desempenho: um backup de 130 GB com cerca de 15 backups anteriores levaria mais de 80 minutos para ser concluído. Depois de ter movido a árvore inteira para uma partição ext4 (no mesmo disco), os backups subsequentes levariam cerca de 2 minutos para serem concluídos.
Eu adaptei os scripts desta página para as minhas necessidades: