O Universal USB Installer é, de longe, o melhor, na minha opinião, método automatizado para criar uma versão de disco em tempo real do Ubuntu em uma unidade USB inicializável. Tem a capacidade de Set a Persistent Size
, que é o que você quer. Isso cria espaço para salvar as alterações na unidade flash e permite que você modifique o Ubuntu no USB e reinicialize. As mudanças vão "persistir", mas você precisa perceber que há um limite de 4 GB com o utilitário, e para criar um maior, você precisará formatar especialmente uma partição na unidade USB. Há tutoriais online para isso também.
O segundo post em Como faço para que um USB ao vivo use uma partição para persistência? descreve isso com mais detalhes.
Além disso, esta é uma duplicata de aproximadamente 40 perguntas apenas no askubuntu.
Você vai encontrar o problema que o cache do apt-get irá preencher rapidamente, então você vai querer fazer algo como rodar o zelador no Ubuntu-Tweak ou você ficará sem espaço. Além disso, o alto número de leituras / gravações acabará destruindo sua unidade flash. Se for importante ter uma unidade flash persistente, talvez valha a pena investir em uma segunda unidade flash ou garantir que você armazene dados importantes na nuvem, caso a unidade flash falhe.