O comando shell que você está tentando executar será executado com as permissões do processo que está executando o binário do PHP (ou seja, apache, etc ...) Quando você está logado via putty / ssh, o comando kill tem suas permissões.
A menos que você use o PHP / apache ou esteja tentando matar um processo que pertença ao mesmo usuário que está executando o PHP / Apache, você não terá muita sorte.