Se você tiver um DVD de instalação do Windows ou um CD de reparo, poderá inicializar em um prompt de comando de reparo e executá-lo:
bootrec /fixmbr
Este comando instala o gerenciador de inicialização do Windows. Se você tiver uma inicialização dupla, ela será inicializada diretamente no Windows e você poderá fazer o que quiser com as partições do Linux.
Se a atualização do Windows de que você está falando for a opção fornecida pelo fabricante, duvido que faça qualquer coisa com o carregador de inicialização. Se você não tiver um DVD de instalação do Windows ou um CD de reparo, inicialize o Windows e crie um CD de reparo. Ou um reparo USB.
Como alternativa, você pode usar o lilo
com a opção "bootloader estilo Windows" do Ubuntu, que funciona da mesma forma que o bootloader do Windows. Consulte aqui para obter detalhes.