apt-get update apenas atualiza as listas de pacotes disponíveis. apt-get upgrade faz a atualização real. apt-get dist-upgrade , ao contrário de apt-get upgrade , tem a capacidade de instalar ou excluir pacotes (isso é o que a GUI chama de "atualização inteligente". Normalmente, como as dependências não devem mudar durante o ciclo de vida de uma versão, para atualizações cotidianas , apt-get update seguido por apt-get upgrade é suficiente Você deve executar apt-get dist-upgrade somente quando alguns pacotes forem retidos.
Tudo isso (e muito mais) é explicado na página de manual do apt-get ( man apt-get ).