Sim, definitivamente.
Regra geral: primeiro o Windows e depois o Linux.
Os instaladores do Windows não cuidam (quase) dos sistemas operacionais existentes em sua máquina. Se você instalou o Ubuntu primeiro e depois executou o instalador do Windows 8.1, suas rotinas substituiriam qualquer gerenciador de inicialização (aquele em que você escolheria o sistema operacional a ser inicializado). Então você pode escolher usar o Win8 na inicialização, mas provavelmente não no Ubuntu. Isso é muito difícil de consertar, então não tente fazer dessa maneira!
O Ubuntu, por outro lado, está muito bem ciente do fato de que muitas vezes é apenas instalado como um sistema operacional secundário, e é por isso que ele oferece a possibilidade de instalá-lo junto com o Windows durante a instalação. Isto irá configurar o seu gerenciador de boot (grub, neste caso) para incluir qualquer sistema operacional existente, mesmo se você optar por fazer algum particionamento manual. Geralmente isso quebra o arranque do Windows, mas consertar isso é fácil: obtenha o meio de instalação, inicialize-o, clique em "reparar" e terá um ambiente dualboot funcional.