Existe uma maneira elegante, com o comando dpkg-divert
( sobrescreve a versão do pacote de um arquivo , veja isto ).
dpkg-divert --divert /full_path/file_to_preserve.packaged --rename /full_path/file_to_preserve
Por favor, considere a possibilidade de montar diferentes versões de arquivos de um determinado pacote, o que pode ser arriscado ...