Eu uso o Grsync para fazer exatamente isso.
Eu copio o conteúdo do Dropbox para o meu NAS WD 1TB e copio o conteúdo do NAS para uma unidade externa USB 1TB conectada.
A primeira vez que ele é executado, leva uma idade para ser concluído, mas depois ele copia apenas os arquivos alterados para que sejam executados em um flash (sem trocadilhos).
O Grsync é uma interface gráfica para o rsync. Você pode fazer o download tanto do centro do Ubuntu Software.