Se o seu sistema quiser atualizar Mencoder e Mplayer , isso é porque você os instalou usando os pacotes fornecidos pelos repositórios de software do Ubuntu.
Se você preferir usar a versão mais recente que você compila a partir das fontes, então você deve remover a versão fornecida pelo Ubuntu:
sudo apt-get purge mencoder mplayer
Depois de fazer isso, seu sistema deixará de gerenciar a atualização desses softwares. Você precisará compilar a partir de fontes sempre que precisar de uma nova versão recente.
Atualizado
Como o OP conta no comentário, ele está usando o guia fornecido no Help Cener do Ubuntu . Revisei este guia e descobri que, sim, isso permitirá construir o mencoder & amp; mplayer da fonte, mas o processo descrito também irá criar o pacote .deb e instalá-los como qualquer outro pacote do Ubuntu.
Como visto no procedimento: para compilar o MPlayer você é solicitado a adicionar o seguinte parâmetro a um comando de instalação: --pkgversion "2:1.0~svn$(LC_ALL=C svn info 2> /dev/null | grep Revision | cut -d' ' -f2)" , portanto, consertando uma versão neste pacote que é inferior ao um encontrado para este pacote nos repositórios .
Assim, é agora compreensível que, após seguir o tutorial, o software seja atualizado junto com qualquer apt-get upgrade .
Então, ou você fornece manualmente um valor mais alto para a string de versão, ou você segue o post referido pelo nota duplicada em sua pergunta para bloquear o pacote e evitar que eles sejam atualizados com o sistema.