Parece que esse problema já é conhecido há algum tempo. Eu encontrei os seguintes tópicos de bug no Ubuntu:
No meu caso, matar o agente cisco vpn resolveu o problema. Se o agente estivesse em execução, com ou sem uma conexão estabelecida, os congelamentos ocorreriam. Tendo matado o agente, ele foi executado por mais de 24 horas sem um problema.
Thu Nov 07 - 11:00 $ ps aux | grep vpn
root 12972 0.0 0.0 41420 2716 ? S 11:00 0:00 /opt/cisco/vpn/bin/vpnagentd
Gostaria de acrescentar que esses dois softwares funcionaram bem por muitos meses antes que este problema surgisse.