O Mathematica é uma aplicação proprietária e não faz parte do Ubuntu e não está disponível na loja do Ubuntu. Se ele fornece atualizações para si mesmo, ele o faz completamente fora do reino da estrutura de arquivo e empacotamento do Ubuntu. Você não o instalou usando essa estrutura, então não há motivo para atualizá-la.
Se você quiser detalhes específicos sobre como funciona, entre em contato com a Wolfram para obter suporte sobre o produto.