Você pode remover qualquer pacote da linha de comando com
sudo apt-get remove [package name...]
Bash até completa os nomes dos pacotes para você, quando você pressiona a tecla Tab . : -]
No entanto, não acredito que o Adobe Flash tenha qualquer influência no Centro de Software. Parece haver outro problema.
Além disso, o Flash v9 é incrivelmente antigo e inseguro. Use o Flash 11 dos repositórios.