Você pode tentar isso:
cd /usr/share/applications/;
cp scilab.desktop scilab.desktop.backup;
cat scilab.desktop.backup | sed -e 's|^Icon=.*|Icon=/usr/share/scilab/modules/gui/images/icons/32x32/apps/scilab.png|' > scilab.desktop
PS: você precisa executar essas linhas como raiz.