Então, obrigado por toda a ajuda acima.
Para futuros leitores que desejam migrar seus arquivos de um Mac OSX para o Ubuntu, posso confirmar que usar um cabo Ethernet / crossover e estabelecer um link direto entre os dois é o mais fácil (na minha experiência) em termos de velocidade e facilidade . Eu fiz em uma noite o que teria levado uma semana e uma enorme quantidade de dor de cabeça em termos de tamanho de arquivo, formato de HDD externo etc usando um disco rígido externo. Não há problema com permissões. Taxas de transferência incrivelmente rápidas. Usa o protocolo de compartilhamento de arquivos do samba.
Instruções sobre como conectar um Macbook Pro e um dispositivo com Ubuntu podem ser encontradas aqui link
Eu usei um cabo cruzado, mas aparentemente isso não é necessário para um Mac, pois ele pode inverter as polaridades de condutores, então um cabo Ethernet padrão deve funcionar bem.
Eu não posso recomendar isso o suficiente para quem procura migrar do Mac OSX para o Ubuntu (ou apenas transferir arquivos grandes).