Se você acha que tem alguns arquivos gigantescos que o analisador de disco não está vendo por algum motivo, você pode usar o ls para procurar por arquivos grandes. Tente isto por exemplo:
ls -alrS
na sua pasta pessoal.
Esta é uma instalação wubi compartilhada com arquivos win32? Algumas semanas atrás eu encontrei um problema semelhante em um sistema wubi que foi instalado por um amigo. Como no seu caso, o analisador de disco estava mostrando um valor realmente alto para a pasta pessoal, muito mais do que a soma de suas subpastas. Eu não posso comentar sobre por que o analisador de disco estava se comportando dessa maneira, mas a abordagem que eu tomei no meu caso foi fazer uma instalação limpa do Ubuntu em uma partição dedicada. É claro que essa não é uma solução muito boa, mas se for um sistema relativamente novo, pode ser uma solução razoável.
Espero que alguém mais possa explicar por que o analisador de disco está se comportando dessa maneira e como disponibilizar esse espaço em disco.