Se você alterar apenas o nome de usuário (provavelmente editando /etc/passwd , /etc/shadow e /etc/group ), basta fazer mv /home/USER /home/NEWUSER como root, supondo que você também alterou o diretório em /etc/passwd , que é usado como o lar desse usuário.
Se o UID (e / ou GID) também foi alterado, você precisará executar chmod -R NEWUSER.NEWGROUP /home/NEWUSER também.