--- este problema foi resolvido no chat ---
O problema era que o arquivo /home/brentonhorne/.config/menus/applications.menu não era gravável pelo usuário padrão. brentonhorne é o usuário padrão neste sistema, para todo mundo ler isto, você terá que trocar este nome de usuário, é claro.
O problema foi corrigido definindo as permissões da pasta .config e todas as suas subpastas como deveriam ser (de propriedade do usuário, legível e gravável pelo proprietário) - novamente para todos os outros, você terá que inserir seu próprio nome de usuário para brentonhorne.
sudo chown -R brentonhorne:brentonhorne /home/brentonhorne/.config && sudo chmod u+rw /home/brentonhorne/.config