Parece que você instalou 2 flash players diferentes, eles provavelmente sobrescrevem alguns arquivos uns dos outros. A coisa sã a fazer é desinstalar todos os 3 e reinstalar o Adobe Flash novamente. Soluções alternativas, como o download manual de arquivos da Internet, podem funcionar, mas o sistema de atualização não estará ciente disso e poderá quebrá-lo novamente quando houver uma atualização disponível.
Você pode fazer isso no Centro de Software ou usando a linha de comando:
sudo apt-get remove flashplugin-installer libswfdec-0.8-0 swfdec-mozilla
para remover então e:
sudo apt-get install flashplugin-installer
Para baixar e instalar novamente o Flash Player (Adobe) oficial.