Eu também experimentei esse problema. Mas eu encontrei uma solução para isso.
Minha unidade USB possui a primeira partição NTFS de 430 GB (sdg1) seguida da partição Linux de 10 GB (sdg2) (todas as primárias). Eu instalei o Ubuntu (ou depois o Trisquel) e tive o mesmo erro sobre o sistema de arquivos desconhecido.
Foi que o grub não pôde "ver" a partição Linux após essa partição NTFS "grande". Eu não sei exatamente as limitações do GRUB2, mas meus 430 GB estavam acima disso.
Aqui está a solução alternativa:
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Instale o grub no HDD USB com o diretório raiz em / dev / sdg1 (partição NTFS). Você então terá o grub.cfg em / boot / grub / nessa partição.
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Copie o kernel e a imagem do inirtd para / boot / ubuntu / at / dev / sdg1.
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Mude o grub.cfg para ter raiz em 'hd0, msdos1' e para carregar o kernel e initrd de / boot / ubuntu /.
Feito.
Aqui está minha entrada do grub.cfg, por exemplo:
menuentry 'Ubuntu' {
insmod gzio
insmod part_msdos
insmod ext2
set root='hd0,msdos1'
echo 'Loading Linux'
linux /boot/iubuntu/vmlinuz-3.5.0-17-generic root=UUID=erg7659b-ad4c-4f84-9ea0-6e9636768669 ro quiet splash
echo 'Loading initial ramdisk ...'
initrd /boot/iubuntu/initrd.img-3.5.0-17-generic
}
PS: esta solução não funcionará com todas as distros (com o ArchBang, por exemplo).