Neste momento, não é possível compilar o mono com o perfil NET 2.0 desativado.
Ele provavelmente será implementado em algum momento no futuro (quando alguém ficar cansado demais de esperar que a construção termine para algo que não precisa / deseja) - sinta-se à vontade para tentar, mas pode ser complicado, já que muitas coisas dependem de ter um perfil 2.0 disponível.