Eu não uso o Bzr mas o Mercurial e o Git.
E, tanto quanto sei, usar um serviço de sincronização e uma ferramenta de revisão na mesma pasta pode criar problemas, especialmente se essa pasta for atualizada em vários computadores que executam o Ubuntu One (ou qualquer outro serviço de sincronização de arquivos).
Eu tenho tido alguns problemas com o Ubuntu One e Mercurial e eu acho que tem a ver com o fato de ubuntuone e o repositório Mercurial pode não estar em sincronia dependendo das seqüências de alterações e commits. Por exemplo, eu poderia atualizar arquivos em um computador e não confirmá-los ou obter o arquivo atualizado do ubuntuone antes ou depois de receber alterações.
Eu acho que um segundo ponto de referência (o repositório bzr / mercurial / git) é suficiente para confundir o ubuntuone.