Já experimentou apt-get clean
e apt-get autoclean
?
apt-get clean
remove tudo, exceto os arquivos de bloqueio de /var/cache/apt/archives/
e /var/cache/apt/archives/partial/
. Assim, se você precisar reinstalar um pacote, o APT deverá recuperá-lo novamente.
apt-get autoclean
remove apenas arquivos de pacote que não podem mais ser baixados.