Se o Basket fizer o que você precisa, exceto salvar as coisas no lugar errado, basta criar um link simbólico de onde o Basket deseja salvar as coisas onde você deseja:
ln -s /media/truecrypt1/baskets ~/.kde/share/baskets
Eu não sei exatamente qual software de criptografia você usa, mas assumindo que ele permite que os programas leiam e escrevam a partir do sistema de arquivos, desde que você esteja logado e tenha desbloqueado, isso deve fazer o que você precisa em termos de movendo as cestas.