Veja este post no blog:
Infelizmente, essas alterações em todo o sistema provavelmente desaparecerão após a próxima atualização ... Para alterações por usuário, consulte esta postagem do blog:
(É sobre o Arch Linux, mas acho que é aplicável)
Instale a extensão user-theme para gnome-shell , copie os temas para suas pastas iniciais conforme a escrita, modifique-os como desejar e escolha o novo tema modificado pelo usuário em gnome-tweak-tool .