Estou executando o Ubuntu 16.10 e o Ubuntu 16.04 em meus computadores com duas telas, ambas usando a porta HDMI e a Porta de exibição. Ele funciona para qualquer combinação de cabo que eu esteja usando, seja HDMI, Display Port ou até mesmo DVI-D e VGA.
Eu sugiro que você atualize para pelo menos o Ubuntu 16.04 LTS. Tem um novo kernel que suporta placas gráficas com skylake melhor.