Eu encontrei o problema. Por alguma razão que eu não sei, os programas aparecem em algum lugar onde sua barra de menu aparece embaixo da barra na parte superior da tela. O uso de Ctrl + Drag tornou a barra de menus visível.
De repente, em algum aplicativo, o Ubuntu parou de mostrar a barra de menu (tendo botões para maximizar, minimizar e fechar) e também os inicia no canto superior esquerdo, e sem a barra de menus não é fácil.
No entanto, isso é específico para alguns aplicativos. Por exemplo, o Firefox e o Netbeans têm a barra de menu, mas o Nautilus e o Terminal não o possuem.
Estou usando o Ubuntu 16.04 e atualizei-o. Talvez o problema seja relevante para a atualização.
Eu encontrei o problema. Por alguma razão que eu não sei, os programas aparecem em algum lugar onde sua barra de menu aparece embaixo da barra na parte superior da tela. O uso de Ctrl + Drag tornou a barra de menus visível.